JП Водовод и канализација - Скопје се финансира исклучиво од продажба на вода и извршени услуги.
Согласно Законските измени, тарифата за водните услуги ја утврдува Регулаторна комисија за енергетика, водни услуги и услуги за управување со комунален отпад на РСМ. Отпочнувајќи од 01.09.2025 година важечките тарифи за водни услуги се следни:
| Водна услуга | Домаќинство (МКД) | Останати (МКД) | РЖ Услуги АД Скопје (МКД) | 
| Снабдување со вода за пиење | 20,50 | 54,75 | 15,00 | 
| Собирање и одведување на урбани отпадни води | 13,50 | 18,50 | 
 | 
| Прочистување на отпадни води | 1,02 | 1,02 | 
 | 
Во фактурата која ЈП Водовод и канализација – Скопје ја доставува до корисниците, отпочнувајќи од 01.11.2019 година се пресметува и наплатува и Надомест за одржување на јавното градско зеленило (наплатените средства се за ЈП Паркови и зеленило – Скопје). Пресметката на Надоместот за одржување на јавното градско зеленило извршена е согласно Одлуките донесени од Совет на Град Скопје со бр.07-4610/1, од 31.10.2012 година и број 27-9978/1, од 28.10.2019 година (Надоместот за одржување на јавното градско зеленило се пресметува во висина од 19,5% од износот на тарифата за снабдување со вода за пиење и тарифата за собирање и одведување урбани отпадни води).
Со фактурата за водна услуга се пресметуваат и наплатуваат и средства за одржување на јавната комунална хигиена, односно за ЈП Комунална хигиена - Скопје.
фактурите можат да се платат на шалтерите на ЈП Водовод и канализација – Скопје (ул. "Лазар Личеноски бр.9“) на приземје, во наплатните пунктови во Општина Сарај , Општина Шуто Оризари и во трговскиот центар во н.Лисиче, сите експозитури на банките, преку мрежата на т.н. киосци, распоредени на пет локации во градот: Дирекција на ЈП Водовод и канализација - Скопје, кориснички центар на ЈП Комунална хигиена-Скопје, ГТЦ-приземје, Капитол мол и Сити мол, како и на нашата веб страна www.vodovod-skopje.com.mk во делот - Преглед и плаќање на фактури.