Претпријатието постои од 1907 година и од тогаш минало низ разни форми на организации и управувања.
Претпријатието е основано со Решение на тогашното Градско народно собрание во 1946 година како Градско стопанско претпријатие “Водовод“.
Претпријатието како Јавно претпријатие “Водовод и канализација“ - Скопје е основано со Одлука за поделба на јавното претпријатие “Комуналец“ - Скопје во 1992 година.
Основна дејност на Ј.П. “Водовод и канализација“ - Скопје е собирање , пречиствување и дистрибуција на вода за пиење како и одведување на урбани отпадни води, обезбедување на здраствено исправна вода за пиење неопходна за животот на граѓаните и воопшто за функционирање и развој на Град Скопје.
Органи на Претпријатието се: Управниот одбор, Директорот и Надзорен одбор.
Орган на управување на Претпријаието е Управниот одбор , чии членови ги избира и разрешува Советот на Град Скопје од редот на афирмирани и познати стручњаци во областа на водоснабдувањето, имајќи ја во предвид соодветната и правична застапеност на припадниците на сите заедници.
Бројот и составот на членовите на Управниот одбор го утврдува Советот на град Скопје со Решение за именување на членови на Управниот одбор. Мандатот на членовите на Управниот одбор трае 4 години.
Орган на раководење на Претпријатието е Директорот кој го именува врз основа на Јавен конкурс и разрешува Градоначалникот на Град Скопје. Мандатот на Директорот на Претприајтието трае 4 години.
Надзорниот одбор врши контрола на материјално-финансиското работење на Претпријатието. Членовите на Надзорниот одбор ги именува и разрешува Советот на Град Скопје. За член на Надзорен одбор се именува лице со високо образование кое поседува знаење и искуство од областа на финансиското и сметководственото работење. Мандатот на членовите на Надзорниот одбор трае 4 години.
Организационата структура на претпријатието е следна
Центар за санитарна контрола
Дежурно-информативен центар