Дејноста на Сектор Експлоатација и одржување на капацитетите е насочена кон обезбудување на градот Скопје со квалитетна вода за пиење, одведување на отпадните фекални и атмосферски води прифатени во системот за одводнување и обезбедување на објектите.
Сектор ги извршува следните работи: експлоатација, одржување и обезбедување на извори за питка вода, хлоринаторски станици, пумпни станици за питки и фекални води, резервоари за питка вода и градски фонтани.
Во делокругот на работа на Секторот се следните работни задачи:
Клучен сегмент од работењето на овој сектор претствува производството на вода за пиење. Тоа подразбира зафаќање на сирова вода нејзина дезинфекција и дистрибуција. Изворот Рашче со капацитет од 6000 литри во секунда претставува главен извор за снабдување на Град Скопје со вода за пиење и неговата издашност е клучен параметар преку кој се следи хидролошката состојба на изворот.
Секторот работните задачи ги извршува преку следните служби: