ЈП Водовод и канализација-Скопје го имплементираше системот ISO 9001:2008, кој претставува систем за менџмент со квалитет, за производство и снабдување со вода за пиење, одведување на атмосферски и фекални води и услуги од доменот на водоснабдувањето и одведувањето на отпадни води. Истиот е добиен на 15.06.2010 и е со важност до 14.06.2013 година. Ресертификација треба да се изврши до 02.06.2013 година.
Сертификатот НАССР(Codex Alimentarius) претставува систем на анализа на ризик и критични контролни точки. Истиот е добиен на 14.06.2010 и е со важност до 13.06.2013 година. Ресертификација треба да се изврши до 01.06.2013 година.
НАССР системот кој се применува во ЈП Водовод и канализација-Скопје е систем кој ги идентификува специфични опасности и превентивни мерки за управување со тие опасности, со цел избегнување на било каков ризик од несакана дистрибиција на небезбедна (здраствено неисправна) вода за пиење.
Со имплементацијата на овие системи за менаџмент со квалитетот: