Центарот за санитарна контрола при ЈП Водовод и канализација-Скопје на 01.03.2011 година го доби Сертификатот за акредитација (бр.ЛТ 021) по стандардот МКС EN ISO/IEC 17025:2006 - Општи барања за компетентност на лабораториите за тестирање и калибрирање од страна на Институтот за акредитација на Република Македонија.
Во рамките на Центарот за санитарна контрола функционираат три лабаратории и тоа: микробиолошка лабараторија, хемиска лабараторија за питки води и хемиска лабараторија за отпадни води и служба за санитарна контрола и надзор.
Со воведувањето на стандардот МКС EN ISO/IEC SO 17025:2006 значи дека услугите на лабораториите за тестирање при ЈП Водовод и канализација-Скопје се компатибилни со европските односно истите се препознатливи по компетентност, стручност и непристрасност. Резултатите се базираат врз одредување прецизност,повторливост и голема точност и со можност ако тоа го побара клиентот да му се достави и мерната неодреденост.
Со оваа акредитација се потврдува довербата во резултатите од тестирањето, калибрацијата, испекцијата и притоа се обезбедува пристап до меѓународни шеми за взаемно признавање на сертификатите од калибрацијата, извештаите од тестирањето и инспекциите како и сертификатите за сообразност односно оспособеност.
Со стандардот MKC EN ISO/17025:2006 се определуваат и барањата за давање мислење и интерпретација во извештаите добиени од Центарот за санитарна контрола односно од лабараториите.
Со акредитацијата на Центарот за санитарна контрола, стручноста на техничкиот кадар и со техничката опременост на самиот Центар за санитарна контрола е чекор поблизу да стане референтна лабараторија во областа на акватиката (водниот систем) во државата и пошироко.
Центарот за санитарна контрола на 07.03.2012 година по надзорното оценување од страна на Институтот за акредитација на Република Македонија го прошири опсегот на акредитација и тоа со уште четири микробиолошки методи, а во исто време го акредитира земањето на примероци на вода за пиење за микробиолошки анализи и хемиски анализи по стандардните методи MKS EN ISO19458 и MKS EN ISO 5667-5 и земањето на примероци на површински и отпадни води по стандардни методи MKS EN ISO 5667-6 MKS EN ISO 5667-10.На состанокот на Комитетот за мултилатерални договори на Европската организација за акредитација (Multilateral Agreement Committee-EA-MAC), одржан во Копенхаген на 18 и 19.04.2012 година одобрен е Извештајот за работата на Институтот за акредитација на Република Македонија, што подразбира потпишување на Договор за меѓусебно признавање на сертификатите за акредитација помеѓу земјите членки на Европската организација и Институтот за акредитација на Република Македонија за областите: лабаратории за тестирање, лабаратории за калибрација, сертификација на производи и инспекција. Тоа би значело дека резултатите добиени од нашите лабаратории ќе бидат валидни на целата територија на Европската Унија. Одлуката на Комитетот ќе стапи на сила по формалната верификација од страна на Генералното собрание на Европската организација за акредитација на состанокот кој ќе се одржи на 23 и 24 мај 2012 година во Мадрид.